Shell中简单for循环的几种形式
1.变量 ${sample}
for sample in name1 name2 name3
do
${sample}.input > result_${sample}.output
done
2.遍历数值数组 array=（15 16 17 18 13）
array=(1 2 3 4 5)
for i in $(seq 0 5);
do
mv correct.fa ${array[i]}_correct.fa
done
遍历（不带数组下标）：
for element in ${array[@]}
#也可以写成for element in ${array[*]}
do
echo $element
done
遍历（带数组下标）：
for i in "${!arr[@]}";
do
printf "%s\t%s\n" "$i" "${arr[$i]}"
done
3.遍历当前路径下，某类指定文件 *.txt
for file in $(find . -type f -name "*.txt" -print); do
echo $file
done
4.从shell脚本往python里传参
注意引号
a="--corrected_file=bcool_chr1_2in.txt";
b="--truth_file=groundtruth_${id[i]}_4in.txt";
python /data/xuanzhan/err_correct/code/evaluate_cor.py $a $b >> Results_bcool.txt;
shell中的数组
-
数组定义 ：array_name=(value1 value2 … valuen)
-
数组元素 ：${array_name[index]}
-
获取数组中的所有元素（@/）：${my_array[]} ${my_array[@]} - 获取数组的长度 : ${#my_array[@]}
Tricks
- 连续多行变为一行
paste - - - (连续三行变为一行)
- awk 传入参数
awk -v value=${sample}
- shell传参
