好用的linux命令
sort 排序
1.指定按列排序 -k –key=KEYDEF KEYDEF的定义是 F[.C][OPTS][,F][.C][OPTS]]。这里[]就是可填可不填的意思。
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F表示filed, 也就是列。如，-k1,2 (效果就是将第一列和第二列进行合并，然后从左到右进行逐个比较), 里一共有两个F，分别用于排序键值的起始位置列和结束位置列。
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.C适用于Chr23 和 Chr2这种字符和数字混合的情况，我们希望Chr2 < Chr23，但是默认是Chr23 > Chr2. .C表示从第C个位置开始，当做数字处理
#tmp.txt文件，按第二列排序
sort -k2 tmp.txt
2.按照数值大小进行排序 -n,–numeric-sort
3.逆序排序 -r –reverse
sort 统计出现频率
4.搭配 uniq 命令去重复
当重复的行并不相邻时，uniq 命令是不起作用的，所以要搭配sort命令一起使用
- uniq File_Name (:输出删除重复行后的内容)
- uniq -c File_Name (:删除文件中重复出现的行，并在行首显示该行重复出现的次数)
- uniq -d File_Name (:输出文件中重复的行)
检查uniq -c 是否计算正确
awk '{if(NR%4==2) print $0}' 18-25.fastq |sort|uniq -c |awk '{sum += $1};END {print sum}' |more
Kill 命令终止进程
通过 top命令找到进程ID， Kill 强制终止
top -u xuanzhan
kill -s 9 2223
