Xuan's Blog

Thinking will not overcome fear but action will.

读 - 阅读小白的一小步

对阅读意义的思考

简介 [读]系列想要记录一些自己通过读书获得的新的感悟和体验。若是在记录分享的同时也能顺便提高下写作和表达的能力就更棒了。 作为一个打小就讨厌读书的孩子，居然要开始分享读书心得了，想想还有点小自豪。 虽然不喜欢读书，但一直听闻阅读的好处，想要坚持阅读的心是有的，就是行动力不足。 真正开始定时定量的阅读是在来悉尼留学后，凡事都要亲力亲为，自己租房子有了独立的小空间，时间也一下子多了出来。 ...

Posted by Xuan on July 31, 2020

Fasta/q文件处理脚本

linux shell

Linux 处理 Fasta/Fastq 文件 fastq转换成fasta序列 zcat input_file.fastq.gz | awk 'NR%4==1{printf ">%s\n", substr($0,2)}NR%4==2{print}' > output_file.fa fasta转换成fastq序列 # 添加第三行 + # 添加第四行 E，F，G，H，I（分...

Posted by Xuan on July 7, 2020

Make your own Makefile

自动编译

how to write the Makefile file Filename must be Makefile/makefile basic complie parameters -c: 编译，生成 .o 文件 -o: 链接，生成 可执行文件 （e.g. test） # 自动寻找需要包含的 *.h 头文件 g++ -c function1.cpp #= ‘g++ -c func...

Posted by Xuan on June 29, 2020

Concept of the Entropy

信息 & 熵

Basic definition about the entropy Entropy: 事件（宏观态) 对观察者而言具体是哪种情况（微观态）的不确定性 叫做熵。 Information：消除观察者对事件的不确定性的事物 叫做信息。（只有能够消除某人对某件事情不确定性的事物才是信息） 以上两者， 熵和信息数量相等，意义相反。获取信息意味着消除熵。 能消除不确定性的信息有三种， 其本质为...

Posted by Xuan on June 12, 2020

嘿，周易小白启蒙

什么是八字

初识周易- 什么是八字 机缘巧合，想要了解八字里反应了什么？ 就有了接下来的学习分享, 根据youtube（九龙道长周易文化传播课程）视频整理而来。如有出入，以课程内容为准。 八字 1.什么是八字？ 简单的说就是：出生年、月、日、时的天干地支，共八个字，就是生辰八字。 “干”指天干，共有十个，即甲、乙、丙、丁、戌、己、庚、辛、壬、癸。 “支”指“地支”，包括子、丑、寅、卯、辰、已...

Posted by Xuan on March 15, 2020

初识PHP

PHP基本语法 php语句以；分号结尾 户定义的函数、类和关键词（例如 if、else、echo 等等）都对大小写不敏感；对变量大小写敏感 PHP 变量规则： 变量以 $ 符号开头，其后是变量的名称 变量名称必须以字母或下划线开头 变量名称不能以数字开头 变量名称只能包含字母数字字符和下划线（A-z、0-9 以及 _） 变量名称对大小写敏感（$y 与 $Y 是两个...

Posted by Xuan on March 1, 2020

Linux提高效率的命令

sort

好用的linux命令 sort 排序 1.指定按列排序 -k –key=KEYDEF KEYDEF的定义是 F[.C][OPTS][,F][.C][OPTS]]。这里[]就是可填可不填的意思。 F表示filed, 也就是列。如，-k1,2 (效果就是将第一列和第二列进行合并，然后从左到右进行逐个比较), 里一共有两个F，分别用于排序键值的起始位置列和结束位置列。 ...

Posted by Xuan on February 25, 2020

k-mer频率统计

KMC3工具使用

使用KMC3工具统计k-mer频率 KMC3工作原理 Two-stage processing scheme: 1.split reads into several hundred bins(disk files), according to super k-mers 2.Bins are sorted one by one to remove duplicates contain...

Posted by Xuan on February 18, 2020

awk，高效的shell工具

用awk做简单的文件处理

Awk 使用技巧汇总 分隔输入文件(-v FS=”分隔符”)或输出文件(-v OFS=”分隔符”) 处理前文件 tmp.txt 15704 dump10 14325 dump11 13178 dump12 12115 dump13 11091 dump14 10057 dump15 awk -v FS="dump" '{print $1 " " $2}' tmp...

Posted by Xuan on February 18, 2020

SSH远程连接，你要知道的事

免密登陆 & 简化IP

SSH远程连接服务器 实现免密登陆 想要在node1 上免密登陆 node2: 1.在node1节点上生成公钥以及私钥 ssh-keygen -t rsa 一路回车后，公私钥生成完毕 2.两种方法 推荐 ： 直接把自己密钥拷贝到需要免密的机器上 ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa.pub 用户名@ip 输入密码后，在登陆该机器将...

Posted by Xuan on February 18, 2020

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